Source: https://www.sfm-microbiologie.org/2020/05/12/le-suivi-epidemiologique-des-eaux-usees-un-indicateur-privilegie-dans-une-strategie-de-lutte-integree-contre-le-codiv-19/

Le suivi épidémiologique des eaux usées : un indicateur privilégié dans une stratégie de lutte intégrée contre le CODIV-19. Le Projet OBEPINE (OBservatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées)

L’évaluation de la dynamique de l’infection à SARS-CoV2 dans les populations humaines est limitée aux données épidémiologiques recueillies dans un contexte d’urgence (incidence, hospitalisations, décès, létalité, tests viraux sur les malades et les personnels exposés), qui ne reflète qu’imparfaitement la dynamique réelle de l’infection COVID-19.

Le cycle viral admet, en plus des phases affectant les voies respiratoires supérieures et inférieures, une phase entérique qui aboutit à la libération de virus dans les selles (Wölfel et al., 2020), mais l’inféctivité du virus issu des selles n’est pas encore démontré pour le SARS-CoV2.

C’est pourquoi la surveillance du SARS-CoV2 dans les eaux usées, reflet indirect de la circulation du virus dans la population, pourrait constituer un nouvel indicateur de choix en complément des données épidémiologiques actuelles. La surveillance des eaux usées fournit un signal global et complémentaire pour toute la population drainée par le même réseau d’eaux usées, alors que tous les autres moyens de surveillance sont centrés sur les individus. Le suivi des virus entériques dans les eaux usées avait déjà démontré une très bonne corrélation avec la circulation des virus dans les populations, notamment à Paris (Prévost et al., 2015) ou encore au Japon (Kazama et al., 2016). Plusieurs éditoriaux et articles d’opinion se sont fait récemment fait l’écho du potentiel du suivi épidémiologique des eaux usées (Malapathy, 2020, Lesté-Lasserre, 2020, Maréchal et al. 2020).

Un groupe de travail réunissant des expertises en virologie médicale, en microbiologie environnementale, en hydrologie, en modélisation et en mathématiques statistiques s’est proposé de créer le réseau OBEPINE (Observatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées). Ce projet, qui associe les opérateurs privés et publiques en charge du traitement des eaux usées, a proposé une stratégie originale de surveillance épidémiologique du COVID-19. Des données préliminaires (Wurtzer et al., 2020) montrent en effet que le génome du SARS-CoV2 peut être quantifié dans les eaux usées issues de stations d’épuration (STEP) d’Ile-de-France. Ce suivi permet une détection très précoce de l’épidémie (eaux usées positives dès le 5 mars, alors que moins de 100 cas sont déclarés en Ile de France) suggérant que la détection du coronavirus dans les eaux usées pourrait précéder la détection des premiers malades. Les auteurs rapportent une baisse drastique des charges virales dans les eaux usées depuis le 10 avril, témoignant d’une réduction dans la circulation du virus depuis la mise en place du confinement le 17 mars.

Une stratégie proche a été mise en avant dans des études conduites très récemment aux Pays-Bas (Medema et al., 2020). A court terme, la surveillance des eaux usées permettrait de suivre la dynamique de circulation du SARS-CoV2 dans des régions cibles, notamment à faible circulation virale, en sus d’autres indicateurs épidémiologiques.

A long terme, ce réseau pilote pourrait préfigurer la construction d’un réseau national pérenne de suivi des eaux usées qui permettrait, tout au long de l’année, de suivre la circulation des pathogènes entériques dans la population française.