Pérenniser

Un réseau de suivi national de l’épidémie par les eaux usées, pour quoi faire ? 

•Permettre une détection précoce de l’épidémie (dispositif alerte rapide, y compris pour les rebonds possibles de l’épidémie), mais également une aide utile au déconfinement en fournissant des données globalisées – à l’échelle d’une ville (du bassin versant d’une STEP) – qui permettent de suivre de façon indirecte le taux d’infection des populations.

• En fournissant des données environnementales (eaux usées) complémentaires aux données épidémiologiques, le réseau permettra d’améliorer les modèles dynamiques de la circulation virale, et réciproquement, la confrontation aux résultats de modélisation confirmera la représentativité de l’indicateur basé sur la contamination des eaux usées.

•Des éléments sur la circulation du virus à partir des émissions fécales pourront être fournis par les données acquises dans les eaux usées brutes et traitées et dans les rivières (y compris en ce qui concerne la réutilisation des eaux et des boues d’épuration). Ceci permettra d’évaluer une nouvelle voie de transfert de la contamination (peu identifiée aujourd’hui) qui pourrait se révéler d’une particulièrement grande importance dans les pays ne disposant pas de structures d’assainissement satisfaisantes.

Différentes hypothèses pour la mise en place d’un réseau de surveillance

Il y a plus de 20.000 stations d’épuration en France. Il serait probablement illusoire, voire inutile, d’y chercher systématiquement la présence de SARS-CoV2 avec une haute fréquence d’analyse. La surveillance réglementaires des ouvrages d’épuration ne réclame un suivi journalier des paramètres principaux qualifiant les eaux usées que pour les stations d’une capacité supérieure à 18.000 habitants (près de 900 stations) alors qu’elle est au minimum hebdomadaire pour les stations d’une capacité supérieure à 1.800 habitants (plus de 4.500 stations). 

Baser le dispositif de surveillance sur les fréquences et la densité de l’auto-surveillance nécessiterait le déploiement très rapide des techniques d’analyse virale dans tous les laboratoires actuellement en charge de la surveillance des eaux usées, avec un coût qui serait de l’ordre de la centaine de millions d’euros annuellement en régime stationnaire de fonctionnement et un problème d’équipement initial des laboratoires et l’effort d’accréditation/formation à mettre en place.

Une autre hypothèse est de fonder le réseau sur un échantillonnage stratifié (maillage hiérarchique) des stations d’épuration basé sur des critères tels que la région (de forte ou faible prévalence), la taille des agglomérations d’assainissement, le type de réseau, les structures hospitalières, les mouvements prévisibles de populations… Le nombre de stations nécessaires dépend du nombre des critères choisis.

Nous envisageons de recourie à une centaine de stations dans un premier temps. Ce réseau pourrait être adapté en temps réel à plusieurs niveaux : (i) en modifiant les stations sélectionnées en fonction d’évolutions majeures des critères servant à la stratification (ii) en échantillonnant par rotations à l’intérieur d’une semaine par exemple pour limiter la saturation des laboratoires. Il resterait nécessaire en cas de crise de densifier le réseau dans les strates identifiées, donc de disposer d’une certaine réserve et mobilité dans le déploiement des dispositifs d’échantillonnage et de transport des échantillons.

Pour piloter un tel réseau avec l’agilité requise, il sera indispensable d’accéder au plus près aux autres données épidémiologiques disponibles, et à tout autre outil qui permettrait d’anticiper les facteurs les plus à même de modifier la dynamique de l’épidémie (mise en place de stratégies de déconfinement, mouvements de populations mesurés par différents moyens, voire par exemple l’initiative COVID-IA, dont Y. Maday et V. Maréchal sont co-fondateurs).

Afin que le réseau sentinelle soit très réactif, les analyses doivent être réalisées le plus rapidement possible (à l’échelle de la journée). Ou pour une plus grande réactivité et efficacité en terme d’alerte, le réseau doit viser la réalisation des analyses de façon prospective. 

Une mention spécifique est faite de la situation des territoires insulaires et plus largement hors-métropole. Ils sont spécifiques à de nombreux titres (facteurs de risques statistiquement différents, systèmes d’assainissement différents, enjeux économiques différents, équipements pour les analyses moins présents, problème pour l’accès aux matériels et réactifs) qui justifient pleinement une attention particulière, alors que la surveillance des eaux usées pourrait avoir un intérêt épidémiologique spécifique.

A terme, il doit être envisagé que soit mis en place un dispositif pérenne pour constituer des banques d’échantillons d’eaux usées congelés et conservés sur plusieurs mois glissants, pour répondre très rapidement aux questions qui pourraient émerger concernant la survenue de toute nouvelle épidémie (reprise du COVID-19 ou autre épidémie; date d’entrée du pathogène dans les populations etc.). Cette banque pourrait également permettre de faire une analyse génétique temporelle des souches en circulation et d’évaluer leur évolution.