Evaluer l’infectiosité

L’évaluation de la dynamique de l’infection à SARS-CoV2 dans les populations humaines est limitée aux données épidémiologiques recueillies dans un contexte d’urgence (incidence hospitalisations, décès, létalité, tests viraux sur les malades et les personnels exposés), qui ne reflète que très imparfaitement la dynamique réelle de l’infection COVID-19. 

En effet, la majorité des sujets infectés amplifient le virus, le transmettent, mais ne font l’objet d’aucune investigation (aucune recherche de l’ARN viral) car ces formes d’infection sont asymptomatiques, pré-symptomatiques ou pauci-symptomatiques. 

Les consultations en ville permettent d’enrichir les données épidémiologiques avec des cas probables (symptomatologie évocatrice mais non spécifique), mais non confirmés le plus souvent car ne faisant l’objet d’aucune recherche virologique. La remontée d’information sur ces cas est plus difficile.

Le cycle viral admet, en plus des phases affectant les voies respiratoires supérieures et inférieures, une phase entérique qui aboutit à la libération de virus dans les selles (Wölfel et al., 2020). Si le virus issu des selles est infectieux, ce qui n’est pas encore démontré pour le SARS-CoV2, la transmission oro-fécale via le manu-portage ou la contamination de l’environnement, bien que non encore démontrée, pourraient venir s’ajouter à la transmission par voie aérienne (postillons et aérosols), bien décrite. Des travaux de modélisation récents suggèrent qu’un second mode de transmission serait nécessaire pour expliquer l’évolution observée de l’épidémie (Danchin et al., 2020).

Pris ensemble, ces informations suggèrent que la surveillance du SARS-CoV2 dans les eaux usées, reflet de la circulation du virus dans la population, pourrait constituer un nouvel indicateur de choix en complément des données épidémiologiques actuelles et des données qui seront issues des tests sérologiques qui pourront être réalisés à grande échelle dans les prochaines semaines (séroprévalence). La surveillance des eaux usées fournit un signal global et complémentaire pour toute la population drainée par le même réseau d’eaux usées, alors que tous les autres moyens de surveillance sont centrés sur les individus. En examinant les populations dans leur ensemble, elle permet ainsi de valider la représentativité des estimations obtenues à partir des tests individuels. En permettant des mesures rapprochées dans le temps, elle permet de suivre des évolutions temporelles sans être soumis au même aléa statistique.

Le groupe Européen COST SCORE (pour Sewage Analysis CORe groupe Europe) souligne l’intérêt d’une surveillance des populations humaines par les eaux usées. A ce jour, l’analyse des eaux usées a principalement été utilisée pour le suivi des drogues illicites (Gonzales-Marino et al., 2020), les pesticides (Rousis et al., 2017) ou encore pour évaluer l’usage domestique de différents produits (Deshayes et al, 2017). Le suivi des virus entériques dans les eaux usées a déjà été réalisé avec de très bonnes corrélations avec l’état épidémique des populations, notamment à Paris (Prévost et al., 2015) ou encore au Japon (Kazama et al., 2016). Plusieurs éditoriaux et articles d’opinion se sont fait récemment fait l’écho du potentiel du suivi épidémiologique des eaux usées (Malapathy, 2020, Lesté-Lasserre, 2020, Maréchal et al. 2020).

Des données de l’une des équipes de notre groupe (Wurtzer et al. 1, 2020) montrent que le génome du SARS-CoV2 peut être quantifié – sous une forme dans laquelle le génome est protégé (virion complet ?) – dans les eaux usées issues de stations d’épuration (STEP) d’Ile de France. Cette publication, compétée avec des données plus récentes (Wurtzer et al. 2, 2020) montre, pour la première fois, non seulement la montée mais aussi la redescente du taux de virus dans les eaux usées, conséquence du confinement.

Ces observations nous incitent à proposer une surveillance environnementale du SARS-CoV2 dans les effluents urbains et les rivières. Une telle stratégie a été mise en avant dans des études conduites très récemment aux Pays-Bas (Medema et al., 2020), suggérant que la détection du coronavirus dans les eaux usées pourrait précéder la détection des premiers malades, qui ne représentent qu’une fraction des personnes contaminées dans le contexte actuel. Dans cet objectif, il est indispensable d’étendre le suivi dans les eaux usées afin de bien comprendre la représentativité de l’indicateur mesurable via les eaux usées, et les moyens doivent être très rapidement renforcés dans cet objectif.

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