OBEPINE (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées) est un consortium de recherche interdisciplinaire réunissant des experts en virologie médicale, biologie moléculaire, génomique, microbiologie, hydrologie et modélisation mathématique. Il a été créé en mars 2020 afin de concevoir un nouveau dispositif de suivi de la COVID-19 à travers l’analyse des eaux usées, une approche appelée épidémiologie basée sur les eaux usées. OBEPINE regroupe 10 membres partenaires (CNRS, Eau de Paris, EPHE, Ifremer, Inserm, IRBA, Sorbonne Université, Université Clermont Auvergne, Université de Lorraine et Université de Paris) et deux membres associés (Institut Pasteur de Guyane et Actalia).

L’équipe d’OBEPINE a été la première à démontrer à l’échelle mondiale dès avril 2020 que la quantification des génomes du SARS-CoV-2 dans les eaux usées permettait la détection précoce et le suivi de la dynamique de l’épidémie.

A partir de cette idée simple, OBEPINE a mis en place en 2021 un système de surveillance de l’épidémie de COVID-19, en déployant un réseau national de surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées sur 200 stations d’épuration, couvrant 40 % de la population française.

OBEPINE est ainsi rapidement devenu leader dans la détection du virus et de ses variants, avec parfois une semaine d’avance sur la production d’indicateurs issus des données populationnelles pour un rapport bénéfice/coût 5 000 fois inférieur.

Les équipes d’OBEPINE étendent aujourd’hui cette approche vers d’autres cibles (infections virales respiratoires, infections émergentes, résistance aux antibiotiques, suivi des infections sexuellement transmissibles). Des projets en cours permettent également d’envisager de suivre d’autres types de microorganismes (comme les bactéries ou les parasites protozoaires).

L’objectif : analyser les eaux usées pour prévenir les épidémies.