Rapports d’analyses : présentation des résultats
Ces rapports d’analyses sont basés sur des valeurs contextualisées à partir des résultats des laboratoires d’analyses d’Obépine.
Les courbes de couleur orange correspondent aux données de la station en référence. Lorsque l’historique d’une région est suffisamment fourni, la moyenne des indicateurs des stations est également renseignée à titre informatif par une courbe de couleur marron.
De même, lorsque l’historique des rapports pour une station sera suffisamment étoffé, trois graphiques supplémentaires seront fournis avec un affichage centré sur des périodes de 2 mois. Les deux premiers graphiques visent à rappeler les résultats communiqués les deux semaines précédentes. Le premier graphique prend ainsi en compte toutes les analyses exceptées celles des deux dernières semaines. Le second prend en compte toutes les analyses exceptées celles de la semaine précédente. Le dernier graphique représente les deux derniers mois de données en prenant en compte l’intégralité des analyses de la station. Quel que soit l’historique des rapports, ce dernier graphique sera systématiquement communiqué.
Les courbes sont présentées sous la forme d’un indicateur de tendance pour le suivi de l’épidémie par une quantification des génomes viraux dans les eaux usées. L’indicateur présenté sur ce rapport est basé sur les résultats d’analyses quantitatives en RT-qPCR sur le gène E du génome du SARS-CoV-2. Ce type d’indicateur ne peut être obtenu qu’avec des données de quantification rendant nécessaire l’utilisation de méthodes quantitatives plutôt que des méthodes qualitatives ou seulement semi-quantitatives.
Il est obtenu par l’assimilation de données avec un modèle numérique de type filtre de Kalman (Forward-Backward) qui permet d’estimer les états d’un système dynamique de type stochastique à partir d’une série de mesures incomplètes et/ou bruitées (comme peut l’être la quantification de génomes dans les eaux usées : sensibilité de la méthode, dilutions dans les eaux usées, effet du débit, conditions physico-chimiques dans l’eau de la station, mouvement des populations en plus de la simple présence de l’ARN dans les eaux usées) en tenant compte seulement de l’état précédent et des mesures à un temps t selon une dynamique adaptée à la modélisation de l’épidémie et les excrétions du virus dans les selles des personnes infectées. L’ indicateur s’affine ainsi par la prise en compte des données relevées au cours du temps.
La plage de valeurs de ce dernier varie entre 0, qui représente le seuil de quantification des analyses, et 150, qui correspond à la valeur maximale analysée sur l’historique des prélèvements. L’indicateur peut également prendre des valeurs négatives, ce qui permet de mettre en évidence des périodes où la circulation du virus était suffisamment faible pour être considérée comme inférieure au seuil de quantification des analyses. A ce niveau les courbes ont néanmoins une signification car elles prennent en compte l’ensemble de la dynamique. On peut considérer qu’en dessous de 60 l’indicateur représente une circulation à bas bruit dans la population. Entre 60 et 80, l’indicateur représente une circulation moyenne dans la population et au-dessus de 80, l’indicateur représente une circulation importante à très importante dans la population.
L’indicateur présenté sur ce rapport est basé sur les résultats d’analyses très sensibles en RT-qPCR sur le gène E du génome du SARS-CoV-2.
Sur les figures présentant les différentes courbes de résultats, les périodes de couvre-feu et de confinement sont référencées à titre indicatif. Dans le cas où un graphe présenterait à la fois les résultats d’une station d’épuration et une agrégation régionale, ces périodes ne s’appliquent qu’à la station.
Enfin, un Indicateur de Précision de Qualité des Données Expérimentales, référencé IPQDE dans la suite du document, apporte des informations sur le degré de précision des données. Il varie de 1/5 à 5/5 selon la convention suivante :
• 1/5 : la donnée est “brute” en considérant un débit moyen pour la station,
- 2/5 : la donnée est “enrichie” en modulant la donnée 2/5 par les données réelles de débit en station,
- 3/5 : la donnée est “modulée” en prenant en compte la pluviométrie et autres facteurs hydrauliques,
- 4/5 : la donnée est “affinée” en affinant la donnée 3/5 par la prise en compte des facteurs physico-chimiques de la station,
- 5/5 : la donnée est “validée” par la prise en compte de toutes les données disponibles y compris les données de mouvement de population ou autres données plus fines.
Les données épidémiologiques du document sont disponibles en accès libre sur la base SI-DEP de Santé Publique France et peuvent être retrouvées ici.